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國中二年級學生天野雪輝習慣遠離所有人，以一個旁觀者的角度把親眼所見的事記錄在自己的手機中。

一天，時空之神宙斯把未來日記植入他的手機中，這日記記錄的是他未來90天發生的事，包括考試內容、遇到的危險等。

但這個「日記」一旦被破壞，持有者的未來將會同時消失，也就是持有者會立刻消失。宙斯已選定十二位未來日記持有者，而最後生存的人將會成為宙斯的繼承者，掌握支配時空的「神之座」。他跟同樣擁有未來日記的其餘11人，展開你死我活鬥爭的殺人遊戲。